As primeiras diretrizes museológicas referentes à concepção de um museu goiano de artes plásticas reportam-se ao I Congresso Nacional de Intelectuais, realizado em Goiânia, de 14 a 21 de fevereiro de 1954, onde germinaram idéias nos vários campos da criação. Esse fervilhar criativo apontou para a necessidade de se ter um espaço adequado à realização de eventos culturais, que abrigasse obras de artes. Mais tarde, estas idéias apontaram para a criação de um museu público na nova capital.
O I Congresso Nacional de Intelectuais surgiu como uma resposta ao isolamento cultural da nova capital. O evento contou com a participação de artistas, escritores e intelectuais conceituados do Brasil e da América Latina. O ponto máximo deste evento foi a mostra idealizada e organizada pelos artistas plásticos Frei Nazareno Confaloni, Henning Gustav Ritter e também pelo diretor da EGBA - Escola Goiana de Belas Artes, Luiz Carmo Curado. Para a mostra, foram exibidas 317 obras (de artistas que compuseram as representações de outros Estados e da EGBA), entre pinturas, desenhos e gravuras; como também, pretendendo uma visão panorâmica, mais abrangente, foram apresentados exemplares de arte popular, como os de cerâmicas indígena Carajá, e também 17 imagens do escultor José Joaquim Veiga Valle.
O I Congresso Nacional de Intelectuais surgiu como uma resposta ao isolamento cultural da nova capital. O evento contou com a participação de artistas, escritores e intelectuais conceituados do Brasil e da América Latina. O ponto máximo deste evento foi a mostra idealizada e organizada pelos artistas plásticos Frei Nazareno Confaloni, Henning Gustav Ritter e também pelo diretor da EGBA - Escola Goiana de Belas Artes, Luiz Carmo Curado. Para a mostra, foram exibidas 317 obras (de artistas que compuseram as representações de outros Estados e da EGBA), entre pinturas, desenhos e gravuras; como também, pretendendo uma visão panorâmica, mais abrangente, foram apresentados exemplares de arte popular, como os de cerâmicas indígena Carajá, e também 17 imagens do escultor José Joaquim Veiga Valle.
A história do MAG pode ser definida como a caminhada de uma instituição que quer ser conhecida como tal. Em julho de 1969, por ocasião inauguração da Praça Universitária, a única construção dentro da praça seria a sede do museu. O MAG – primeiro Museu Público de Artes Plásticas da região Centro Oeste - foi criado pela Lei n. 4.188, de 28/10/69 e inaugurado em 20 out. 1970.
O acervo inicial do MAG foi constituído por iniciativa do artista plástico e professor da Universidade Católica de Goiás (UCG), Amaury Menezes, convidado para o cargo de diretor-fundador do MAG. O acervo inicial foi composto por peças da exposição comemorativa do I Congresso Nacional de Intelectuais. Na exposição de inauguração do MAG, em 20 de outubro 1970, foram exibidas 48 peças doadas pela UCG, pelo colecionador Aloysio de Sá Peixoto e por vários artistas goianos. Dentre as obras que fizeram parte desta exposição estão: desenho de Ionaldo Cavalcantti, gravuras de Carlos Scliar, Glauco Rodrigues, Glênio Bianchetti, Guido Viaro, Mário Gruber, Paulo Werneck e Renina Katz; e pintura de Inimá de Paula. Por essa mesma época, 21 de outubro de 1973, foi inaugurado o II Salão Goiano de Arte Universitária, que previa que todos os trabalhos premiados fariam parte do acervo do MAG. Foram premiados Liselotte de Magalhães, Maria Trindade Gonçalves, Tancredo de Araújo, Thomas Tillmann Ritter e Newma Gusmão Lima de Sá; receberam menções honrosas: Odalva Guimarães e Neli de Souza Dantas.
Durante três anos, o MAG funcionou na instalação da Praça Universitária. Nos anos 70, seu acervo foi sendo ampliado sem que no entanto fosse usada a denominação de Museu de Arte de Goiânia. O conjunto edificado na Praça Universitária passa a denominar-se Centro Cultural e o Museu de Arte de Goiânia é diluído em uma Divisão de Artes Plásticas. A própria praça sofre mudanças que contrariaram sua proposta inicial, quando o espaço do Terraço Bar é cedido para particulares que instalam novos equipamentos para serem usufruto de frequentadores. Essa situação dura até 1979, quando o espaço é interditado e retomado pela administração municipal.
Em 1981, é transferido para sua atual sede no Bosque dos Buritis, area ambiental e turística de grande relevância para a cidade. Nesta ocasião são vinculadas às atividades do MAG as áreas de Patrimônio Histórico e a de oficina de artes. É a década de 80 se período de maior enfervecência; o MAG se organiza como instituição, registrando, documentando, conservando seu acervo, exposições e eventos, se tornando também um ponto de encontro para os artistas. Em 1985, o espaço passa por uma grande reforma que busca adaptar a sua função de casa da cultura, mas especificamente das artes plásticas.
Durante a década de 90, o Museu irá novamente se deparar com a perda gradual de seu espaço, seja para a área administrativa da Secretaria de Cultura, seja para o Centro Livre de Artes. Já no final desta década, seu espaço físico está reduzido à área de exposição, uma sala para reserva técnica, diretoria, restauração e ação educativa. Com intuito de melhorar as condições de atendimento ao público é inicada uma reforma, com recursos oriundos da contribuição de alunos das oficinas de artes do MAG. É também nessa época com a finalidade de apoiar as atividades do MAG que nasce, em 1997, a Associação dos Amigos do MAG (AAMAG). Durante esse período de reforma, com poucos recursos, o Museu passa a funcionar ainda mais precária, com seu espaço expositivo totalmente comprometido. Através da AAMAG artistas se unem, são promovidos leilões, recebidas doações, sem que seja possível a conclusão das obras.
A partir de 2000, o poder público municipal alavanca recursos próprios, concluindo a reforma e promovendo a reabertura do MAG em novembro de 2002 com a exposição "Arte e Hibridismo em Goiás".
Ao longo de sua existência, vários projetos foram elaborados visando às melhorias de guarda e conservação d acervo, implantação das atividades de restauração e pesquisa. Em 1997, dois projetos foram implementados através do Fundo Nacional de Cultura, a publicação de um catálogo e o "Goiás: Nossa Arte". Em 2001, as Tintas Coral patrocinam a pintura do prédio. Em 2002, com os recursos captados através do mecenato foi possível adquirir mobiliário para biblioteca e equipamentos de controle climático, de informática, eletrônicos e fotográficos, que permitiram a implantação de ações na área de conservação do acervo e documentação. É também, em 2002, que a Fundação Vitae financia a instalação de um moderno imobiliário para a reserva técnica. Em 2003, é aprovado junto ao Fundo dos Direitos Difusos - Ministério da Justiça - o projeto "O MAG fotografa seu acervo" que visa digitalizar todo seu acervo e a automatizar todas as informações das obras de suas coleções.
Em 2009/2010 o MAG passa por mais uma reforma para solucinoar problemas sérios na estrutura física do espaço que coloca em risco a preservação e conservação do acervo.